Archive des articles :: scientist-publications

Analyse de données de séquences génomiques et transcriptomiques

20/08/2014 13:55

FastQC Cet outil permet de vérifier la qualité des données de séquençage à partir de plusieurs statistiques (longueur, qualité de séquences, taux de GC, taux de N, niveau de duplication...). Eu-Detect Ce programme permet de détecter les séquences eucaryotiques contaminantes dans un jeu de...

Assignation taxonomique de séquences métagénomiques

20/08/2014 13:07

AbSplit Ce programme permet de différencier les séquences provenant des archées de celles provenanant de bactéries dans un même jeu de données métagénomiques. Amphora C'est un programme pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques par l'analyse phylogénétique de gènes...

Phylogénie moléculaire

20/08/2014 10:59

DARwin Darwin est un logiciel développé pour la diversité et l'analyse phylogénétique sur la base de différences d'évolution. Les méthodes standard pour l'arbre et la représentation factorielle sont proposées, elles sont améliorées avec des approches originales et spécifiques, axée en particulier...

Alignements multiples de séquences

13/08/2014 17:10

Clustal Omega Ce programme réalise des alignments multiples pour des séquences ADN, ARN et protéiques en se basant sur des arbres et des profils HMM. MAFFT Cet outil permet de réaliser des alignments multiples pour des séquences ADN, ARN et protéiques ainsi qu'une phylogénie de type NJ ou...

Conversion, extraction et modification de séquences

13/08/2014 17:00

Reverse Complement Cet outil convertit une séquence ADN en sa séquence reverse, complement ou reverse-complement. Expasy translate Cet outil traduit une séquence ADN ou ARN en une séquence protéique. EMBOSS Transeq Cet outil traduit aussi une séquence ADN ou ARN en une séquence...

Development of a SNP marker assay for the Lr67 gene of wheat using a genotyping by sequencing approach

13/08/2014 13:44

Kerrie Forrest, Vincent Pujol, Peter Bulli, Michael Pumphrey, Colin Wellings, Sybil Herrera-Foessel, Julio Huerta-Espino, Ravi Singh, Evans Lagudah, Matthew Hayden and Wolfgang Spielmeyer Résumé: The recently characterised and mapped adult plant resistance gene Lr67 contributes to the...

The conserved PFT1 tandem repeat is crucial for proper flowering in Arabidopsis thaliana

12/08/2014 00:00

Pauline Rival, Maximilian O Press, Jacob Bale, Tanya Grancharova, Soledad F Undurraga, Christine Queitsch Résumé: It is widely appreciated that short tandem repeat (STR) variation underlies substantial phenotypic variation in organisms. Some propose that the high mutation rates of STRs in...

CDI Ingénieur recherche Native Trait Oléagineux (H/F)

06/08/2014 12:01

Type de contrat : CDI Localisation : Chappes (France - 63) - Société : LIMAGRAIN EUROPE Date de publication : 25 juillet 2014 Finalité du poste : Au sein de léquipe Native Trait de la recherche grande culture, nous recherchons un ingénieur de recherché dédié aux...

[CDD ingénieur] BIOINFORMATICIEN (H/F)

06/08/2014 11:57

CDD Localisation : Chappes (France - 63) - Société : GROUPE LIMAGRAIN Date de publication : 22 juillet 2014 Finalité du poste : Rattaché(e) au Responsable de la Bioinformatique et de la Bioanalyse, vous assurez le développement doutils bioinformatiques et lanalyse de...

MAJ des facteurs d'impact

05/08/2014 14:08

Mise à jour des facteurs d'impact des revues