Conversion, extraction et modification de séquences

13/08/2014 17:00

Reverse Complement

Cet outil convertit une séquence ADN en sa séquence reverse, complement ou reverse-complement.

 

Expasy translate

Cet outil traduit une séquence ADN ou ARN en une séquence protéique.

 

EMBOSS Transeq

Cet outil traduit aussi une séquence ADN ou ARN en une séquence protéique.

 

EMBOSS Backtranseq

Cet outil écrit la séquence nucléotidique la plus vraissemblable à partir d'une séquence protéique.

 

EMBOSS Backtranambig

Cet outil écrit la séquence nucléotidique la plus vraissemblable à partir d'une séquence protéique en utilisant aussi tous les codons possibles pour chaque acide aminé.

 

Transcription and Translation Tool

Cet outil permet de transcrire une séquence d'ADN en séquence d'ARN, de traduire une séquence d'ARN messager en séquence protéique et de reverse transcrire une séquence d'ARN en séquence d'ADN.

 

Format Conv erter

Cet outil convertit vos séquences dans le format souhaité (fasta par exemple).

 

Fasta header replacer

Cet outil remplace les en-têtes brutes de vos séquences en format fasta par les en-têtes que vous souhaitez.

 

Fasta header extractor and splitter

Cet outil extrait les en-têtes de vos séquences en format fasta et de manière optionnelle peut diviser vos en-têtes à partir d'un caractère ou d'un mot que vous choississez.

 

FASTA sequence extractor

Cet outil permet d'extraire quelques séquences dans un grand ensemble de séquences au format fasta à partir de leur en-tête.

 

FASTA sequence subtractor

Cet outil permet de supprimer quelques séquences dans un grand ensemble de séquences au format fasta à partir de leur en-tête.

 

Fasta dataset joiner

Cer outil permet de fusionner les séquences au format fasta.

 

Fasta dataset splitter

Cet outil divise votre grand ensemble de séquences au format fasta en 2 sous-ensembles avec et sans l'en-tête mis en mot-clés.

 

Decrease redundancy

C'est un outil qui permet d'éliminer la redondance de séquences protéiques en fonction de vos propres seuils d'identité de séquences.

 

Random DNA sequence generator

Cet outil génère de manière aléatoire des séquences d'ADN en fonction de paramètres souhaités (tailles, composition en bases et nombre de séquences).

 

RandSeq

Cet outil génère de manière aléatoire une séquence protéique en fonction de paramètres souhaités (taille et composition en acides aminés).

 

Protein Colourer

C'est un outil pour colorier les séquences protéiques en fonction des caractéristiques des acides aminées (utile pour visualiser les régions très hydrophobes par exemple).

 

Extract GIs

Cet outil extrait les identifiants GI à partir d'un fichier donné.

 

RetrieveSeq

Cet outil récupère les séquences à partir des bases de données sélectionnées en utilisant une liste d'identifiant.