Alignements multiples de séquences
Ce programme réalise des alignments multiples pour des séquences ADN, ARN et protéiques en se basant sur des arbres et des profils HMM.
Cet outil permet de réaliser des alignments multiples pour des séquences ADN, ARN et protéiques ainsi qu'une phylogénie de type NJ ou UPGMA.
Ce programme d'alignement multiple est basé sur un algorithme appelé la Transformee de Fourier Rapide.
Ce programme réalise des alignements multiples de génomes complets (ou presques) afin en particulier de visualiser des évènements évolutifs comme des réarrangements chromosomiques ou des inversions. L'alignement d'une paire de génomes bactériens très proche prend moins d'une minute et l'alignement de 10 génomes bactériens d'un même groupe ne prend que quelques heures.
Ce programme réalise des alignments multiples pour des séquences ADN, ARN et protéiques et est beaucoup plus rapide et précis que ClustalW2 par exemple.
L'algorithme d'alignement multiple le plus précise pour des séquences de protéines. Il est basé sur une combinaison de paires de modèles de Markov cachés et les fonctions de partition pour calculer des probabilités a posteriori. Vous pouvez aussi le télécharger directement ici.
Cet outil permet de réaliser des alignments multiples pour des séquences ADN, ARN et protéiques à partir d'un groupement hiérarchique des séquences.
Ce programme convertit un alignement multiple de séquences de protéines et de l'ADN correspondant (ou de l'ARNm) en un alignement des séquences de codons (très utile si vous souhaitez calculer des taux de substitution).
Ce programme réalise des alignments multiples pour des séquences protéiques basées sur leur structure secondaire.
Cet outil permet d'extraire un ensemble représentatif de séquences à partir d'un alignement.
Cet outil convertit vos séquences (alignées ou non) dans le format souhaité (fasta par exemple).
Cet outil joint 2 alignements multiples séquence par séquence en se basant sur l'en-tête.
Ce programme élimine les positions mal alignées ou très divergentes par sélection de blocs de séquences à partir d'un alignment multiple de séquences ADN, ARN ou protéiques. C'est une curation automatique des alignments multiples adaptée pour des analyses phylogénétiques à grande échelle.
Ce programme élimine automatiquement les positions fallacieuses ou les régions mal alignées à partir d'un alignment multiple de séquences ADN, ARN ou protéiques. Ce programme ne travaille pas par bloc de séquences mais position par position. C'est une curation automatique des alignments multiples adaptée pour des analyses phylogénétiques à grande échelle.
Cet outil rogne un alignment multiple en se basant sur la séquence la plus courte de l'alignement. Il supprime les bordures riches en "trous".
Cet outil élimine les "trous" dans les alignements multiples.
Extract variable sites from alignment
Cet outil extrait tous les sites variables d'un alignement multiple de séquences.