Analyse de données de séquences génomiques et transcriptomiques
Cet outil permet de vérifier la qualité des données de séquençage à partir de plusieurs statistiques (longueur, qualité de séquences, taux de GC, taux de N, niveau de duplication...).
Ce programme permet de détecter les séquences eucaryotiques contaminantes dans un jeu de données de séquençage.
Cap3 et EGassembler
Ces outils permettent d'assembler des séquences d'ADN ou d'ARN.
Ce serveur web permet de détecter des régions HGT (Horizontal Gene Transfer) dans un génome de micro-organisme.
C'est un outil de visualisation pour explorer de grands jeux de données génomiques.
Cet outil permet d'évaluer la qualité de l'alignment de vos lectures de séquençage (format sam ou bam) sur un assemblage de référence (format fasta).
Cet outil écrit en java permet de calculer différentes statistiques (distribution de la profondeur de couverture par contig, moyenne de couverture par contig, valeur de qualité de mapping...) à partir d'un fichier d'alignment de vos lectures de séquençage (format sam ou bam) sur un assemblage de référence (format fasta).
Un ensemble d'outils automatiques pour analyser vos données SNP (Single Nucleotide Polymorphism).
C'est une visionneuse graphique des assemblages et alignements de séquences de type NGS. Cet outil est utile pour vérifier la qualité des assemblages et des alignements mais aussi pour observer les positions hétérozygotes (SNP et Indels) par exemple.
Ce programme permet de réaliser des assemblages de données transcriptomiques à partir de lectures courtes.
Ce programme permet d'identifier des co-régulations à partir d'une analyse de regroupement hiérarchique.