Phylogénie moléculaire
Darwin est un logiciel développé pour la diversité et l'analyse phylogénétique sur la base de différences d'évolution. Les méthodes standard pour l'arbre et la représentation factorielle sont proposées, elles sont améliorées avec des approches originales et spécifiques, axée en particulier sur la question de la sensibilité à l'exactitude des données.
C'est un programme de reconstruction de phylogénie rapide basé sur la méthode d'évollution minimale (méthode de distance) considéré comme plus efficace que les autres programme basés sur une méthode de distance tels que Neighbor Joining et BioNJ.
Ce logiciel de phylogénie effectue des analyses phylogénétiques par des méthodes de distance, de vraissemblance ou par parsimonie. Il peut faire du boostrapping, des arbres consensus et plusieurs mesures de distances à partir d'une grande diversité de méthode de calcul. Il pemet aussi d'éditer les données, de réaliser l'alignement multiple des séquences via l'implémentation de l'outil ClustalW, de faire des tests d'horloge moléculaire et aussi des tests sur branches uniques de significativité des groupes.
Ce programme réalise des phylogénies par inférence bayésienne en utilisant la méthode MCMC (Markov chain Monte Carlo) pour estimer la distribution a posteriori des paramètres du modèle.
C'est un logiciel de phylogénie basé sur le principe du maximum de vraissemblance. C'est un des outils les plus utilisés pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques.
C'est un autre programme de phylogénie basé sur le principe du maximum de vraissemblance.
C'est un programme de phylogénie basé sur la méthode de parcimonie.
C'est une plateforme gratuite en ligne simple à utiliser permettant de créer son propre pipeline d'analyses de phylogénie moléculaire à partir de différents outils bioinformatiques disponibles.
Cet outil créé 3 versions d'arbres phylogénétiques à partir d'un arbre au format newick:
- l'arbre phylogénétique original (aucune modification)
- l'arbre sans support de branches
- l'arbre sans support et sans distance (juste la topologie)