Assignation taxonomique de séquences métagénomiques
Ce programme permet de différencier les séquences provenant des archées de celles provenanant de bactéries dans un même jeu de données métagénomiques.
C'est un programme pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques par l'analyse phylogénétique de gènes marqueurs de bactéries et/ou d'archées. Pour un grand jeu de données, vous pouvez aussi télécharger le programme ici.
C'est un programme pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques qui fonctionne en capturant les signatures de chaque séquence en fonction de la composition de la séquence. Chaque séquence est modélisée comme un chemin dans un graphe de de Bruijn avec des propriétés sous-jacentes de la chaîne de Markov. Vous pouvez choisir le niveau de précision de la classification et même faire un mix (à la fois au niveau de la famille, de l'odre, de la classe ...).
C'est un programme pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques à partir d'une approche compositionnelle.
C'est un programme pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques à partir de résultats de blast et d'un algorithme LCA (Lowest Common Ancestor). La dernière version de MEGAN permet aussi de réaliser des analyses fonctionnelles en utilisant les bases de données SEED, KEGG et COG/eggNOG. La dernière version permet aussi de réaliser des profils taxonomiques et fonctionnels en Analyse de Coordonnées Principales (PCoA).
C'est un outil gratuit en ligne pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques par des techniques d'apprentissage automatique basées sur la composition en base des séquences. Cet outil combine un serveur web avec un cluster de calcul sous le système Galaxy et a pour spécificité de faire des prédictions pour tous les domaines de la vie (bactéries, eucaryotes, archées, virus, hôtes des virus de bactérie).
C'est un programme pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques à partir d'une approche compositionnelle se basant sur la fréquence des tétramères.
Ce sont des programmes pour la classification taxonomique des séquences métagénomiques à partir d'une approche dite hybride (approche compositionelle combinée avec une approche d'homologie)