Archive des articles :: scientist-publications

rejectSeqsWithTooManyNs.pl

10/12/2014 13:56

Ce script écrit en perl permet de trier vos séquences nucléiques en format fasta en fonction de leur proportion en "N". Attention de noter la proportion "à l'anglaise", c'est à dire 0.01 et non 0,01 si vous souhaitez fixer un seuil de 1% de N. #!/usr/bin/perl use strict; use...

countfasta.pl

09/12/2014 15:45

Ce script écrit en perl permet de produire un histogramme des longueurs de séquences fasta et surtout de calculer quelques statistiques: -nombre total de séquences -longueur totale (taille cumulée de toutes les séquences) -valeur de N25, N50 et N75 -Taux global de GC #!/usr/bin/perl -w #...

dna2protein.pl

09/12/2014 15:42

Ce script écrit en perl permet de traduire des séquences nucléotidiques en protéines. # This script will convert your DNA sequence to PROTEIN Sequence # While executing this script it asks for the file name of the DNA sequence. If the sequence file is not available in the same directory...

extract-seq-by_minlen.pl

09/12/2014 15:41

Ce script écrit en perl permet d'extraire les séquences à partir d'un seuil de longueur #!/usr/bin/perl -w #Extract fasta sequences from a fasta file based on the sequence length use strict; use warnings; use Getopt::Std; use IO::String; use Bio::SeqIO; use...

fasta-make-index.pl

09/12/2014 15:34

Ce script écrit en perl génère un index pour un fichier de séquences au format fasta. #!/usr/athena/bin/perl # # # $pgm = $0; # name of program $pgm =~...

fastafetch.pl

09/12/2014 15:19

Ce script écrit en perl est très utile enfin de récupérer rapidement à partir d'un gros fichier de séquence en format fasta, quelques séquences d'intéret. Attention: Avant de lancer ce script, assurez vous d'avoir construit un index avec le script fasta-make-index.pl fournit sur le...

gff_to_genbank.py

09/12/2014 15:16

Ce script écrit en python permet de créer un fichier en fomat GenBank à partir d'un fichier de séquences fasta et un fichier tabulé GFF. Très utile si vous souhaitez soumettre vos séquences à GenBank. """Convert a GFF and associated FASTA file into GenBank...

vlookup.awk

09/12/2014 15:11

Ce script écrit en awk est l'équivalent de la fonction "recherchev" (ou "vlookup" dans la version anglaise) disponible dans Excel. La différence majeure est la vitesse d'éxécution (ce script est extrêment plus rapide) et le poids du calcul (pas de risque de plantage avec ce script même pour de très...

Venn_stats.pl

09/12/2014 15:10

Ce script écrit en perl produit des statistiques Venn en comparant des lignes de plusieurs fichiers. #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; # Produce Venn stats for N files. As Perl can use any # string for a hash key this is fairly easy using hashes. # Files need not be...

translate2aa.pl

09/12/2014 15:05

Ce script écrit en perl traduit des séquences nucléotidiques (ADN ou ARN) en séquences protéiques en utilisant l'outil getorf d'EMBOSS. Il sélectionne de manière automatique l'ORF la plus grande à partir d'un seuil de taille fournit par l'utilisateur. Attention, ce script nécessité d'installer le...