Archive des articles :: scientist-publications

seqfilediff.pl

11/12/2014 15:42

Ce script perl compare deux fichiers de séquences au format fasta #!/usr/bin/perl use warnings; use strict; use Bio::SeqIO; use Getopt::Long; use constant USAGE =><<END; SYNOPSIS: seqfilediff.pl [OPTIONS] [file1] <file2> DESCRIPTION: Reports the differences...

Medicago truncatula symbiosis mutants affected in the interaction with a biotrophic root pathogen

11/12/2014 00:00

Thomas Rey, Abhishek Chatterjee, Margaux Buttay, Justine Toulotte and Sebastian Schornack Résumé: Understanding how plants balance between enabling microbial symbionts and fending off pathogens has direct implications both for basic plant biology and optimal use of crop plants in...

countseqs.sh

10/12/2014 14:51

Ce script bash permet de calculer rapidement le nombre de séquences présentes dans un fichier au format fasta #!/bin/sh # ~/bin/countseqs # Counts the number of sequences in a FASTA format file grep ">" $1 | wc -l

shortenID2.pl

10/12/2014 14:35

Ce script perl permet de diminuer le nom des séquences fasta en ne gardant que l'identifiant du gène (GI number). #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Bio::SeqIO; =head1 Name shortenID.pl =head1 Usage shortenID.pl =head1 Synopsis This scripts...

shortenID.pl

10/12/2014 14:33

Ce script perl diminue le nom des séquences fasta en supprimant les identifications multiples. #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Bio::SeqIO; =head1 Name shortenID.pl =head1 Usage shortenID.pl =head1 Synopsis This scripts takes a fasta file and...

tabtofasta.pl

10/12/2014 14:17

Ce script perl convertit un fichier tabulé en fichier fasta à condition que la première colonne contienne les identifiants et la deuxième colonne la séquence. #!/usr/bin/perl #a script pretty much ripped off from the Bioperl web page SeqIO HOWTO...

fastq_to_fasta.py

10/12/2014 14:15

Ce script python génère un fichier fasta à partir d'un fichier fastq #!/usr/bin/env python #Takes a single FASTQ file and splits to .fasta + .qual files import sys from Bio import SeqIO if len(sys.argv) == 1: print "Please specify a single .fastq file to...

fasta_to_fastq.py

10/12/2014 14:12

Ce script python permet de générer un fichier fastq à partir d'un fichier fasta et un fichier contenant les valeurs de qualité des séquences fasta. #!/usr/bin/env python import sys from Bio import SeqIO from Bio.SeqIO.QualityIO import PairedFastaQualIterator #Takes a FASTA file,...

removeEmptySeqs.pl

10/12/2014 14:08

Ce script perl élimine toutes les séquences "vides". (Cela est utilie si vous télécharger de grandes bases de données comme GenBank). #!/usr/bin/perl #script to pull out any empty sequence entries in a multifasta file #When using entrez at the NCBI to retrieve fasta formatted sequences,...

fastasplit.pl

10/12/2014 14:00

Ce script perl permet de diviser un très gros fichier de séquence fasta en plusieurs petits fichiers fasta contenant un nombre de séquences que vous choississez. Cela est intéressant en particulier pour paralléliser vos futures analyses. #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use...