Prédictions de sites et de régions protéiques

21/08/2014 12:53

2ZIP

C'est un prédicteur de domaines Leucine Zipper.

 

3of5

C'est un logiciel qui trouve des motifs définis par l'utilisateur dans les séquences protéiques.

 

APSSP  et Jpred

Ce sont des prédicteurs de structures secondaires des protéines à partir des séquences en acides aminés.

 

big-PI

C'est un prédicteur de sites de protéines susceptibles d'être modifiés par un glycolipide: GPI.

 

ChloroP

C'est un prédicteur de sites de peptides de transit des chloroplastes (cTP) dans les séquences de protéines "végétales" et la localisation des sites de clivage cTP.

 

COILS

C'est un prédicteur de régions "Coiled coil" dans les protéines.

 

CSS-Palm

C'est un prédicteur de sites de palmitoylation des protéines

 

DAS-TMfilter, TMHMM et TMpred

Ce sont des prédicteurs de régions, d'hélices transmembranaires des protéines

 

DLP-SVM

C'est un prédicteur de domaines de liaison

 

epestfind

C'est un prédicteur de motifs PEST (c'est à dire, riches en proline, acide glutamique, sérine et thréonine).

 

FindMod

C'est un prédicteur de modifications post-traductionnelles des protéines et qui identifie des potentiels substitutions d'un seul acide aminé dans les peptides.

 

FindPept

C'est un prédicteur de peptides qui résultent de clivage non spécifique de protéine.

 

GlycoMod

C'est un prédicteur de structure des oligosaccharides.

 

GPS 2.1

C'est un prédicteur de site de phosphorylation kinase-spécifique.

 

LipoP

C'est un prédicteur de lipoprotéines et de peptide signal chez les bactéries Gram-.

 

Mitoprot

C'est un prédicteur de protéines importées de mmitochondrie.

 

Myristoylator

C'est un prédicteur de sites de myristoylation N-terminaux des protéines.

 

NetAcet

C'est un prédicteur de sites d'acétylation N-terminaux des protéines.

 

NetCGlyc

C'est un prédicteur de sites de C-mannosylation de protéines de mammifères.

 

NetNES

C'est un prédicteur de signaux d'exports nucléaires riches en leucines (NES) chez les protéines eucaryotiques.

 

NetPhos

C'est un prédicteur de sites de phosphorylation des protéines des eucaryotes.

 

NetPhosYeast

C'est un prédicteur de sites de phosphorylation des protéines chez les levures.

 

NetSurfP

C'est un prédicteur d'accessibilité de la surface et de la structure secondaire des acides aminés dans une séquence d'acides aminés.

 

NetTurnP

C'est un prédicteur de régions Beta-turn dans les protéines.

 

NMT

C'est un prédicteur de sites de sites de N-myristoylation N-terminaux des protéines.

 

PeptideCutter

C'est un prédicteur de sites de clivage de protéines.

 

PeroxiScan

Cet outil basé sur la méthode PROSITE permet de classer les péroxidases au sein des différentes familles et sous-familles composant cette superfamille de protéines.

 

Phobius

C'est un prédicteur de topologie transmembranaire et de peptide signal.

 

Phyre2

C'est un prédicteur de structure 3D des protéines basé sur des modèles HMM (Hidden Markov Models).

 

PredictProtein

C'est un prédicteur des propriétés physico-chimiques des protéines.

 

Psortb et TargetP

Ce sont des prédicteurs de localisation cellulaire des protéines.

 

RADAR

Cet outil détecte de manière de novo et aligne les éléments répétés dans des séquences protéiques.

 

REPRO, T-REKS et TRUST

Ces outils détectent de manière de novo les éléments répétés dans une séquence protéique.

 

SignalIP

C'est un prédicteur de sites de clivage de peptide signal.

 

Sulfinator et SulfoSite

Ce sont des prédicteurs de sites de sulfatation des protéines.

 

SUMOplotTM et GPS-SUMO

Ce sont des prédicteurs de sites de sumoylation des protéines.

 

TatP

C'est un prédicteur de sites de clivage de peptide signal de type Twin-arginine chez les bactéries.

 

TermiNator

C'est un prédicteur de modifications N-terminales des protéines (méthionine excision, acétylation, myristoylation et S-palmitoylation).

 

TopPred

C'est un prédicteur de structure des protéines membranaires.

 

YinOYang

C'est un prédicteur de sites d'attachement O-beta-GlcNAc chez les eucaryotes.