Identification et annotation d'éléments répétés
Détection de répétions de novo par allignement de la séquence contre elle-même.
Ce programme détecte les retrotransposons LTR de pleine longueur dans les séquences du génome
C'est un ensemble d'outil pour l'identification d'élements répétés directement à partir des données de séquençage haut-débit (travaille sur des lectures de 100pb)
Cet outil scanne les séquences ADN (ou ARN) contre la base de données Repbase ou contre la base de données Dfam (bases de données des éléments répétés). L'outil génére une nouvelle séquence d'ADN (ou ARN) dite masquée (c'est à dire, les régions répétées sont remplacées par des "N") ainsi qu'une table avec les annotations des parties masquées.
Ce programme identifie très rapidement les répétitions en tandem au sein d'une séquence d'ADN ou ARN au format fasta. L'analyse d'une séquence de 5Mb ne dure que quelques secondes
Ce programme identifie très rapidement les répétitions en tandem au sein d'une séquence d'ADN ou protéique.