[CDD ingénieur] Exploitation de données NGS pour identification de polymorphismes

Situation du sujet : Le mildiou et l'oïdium sont les deux problèmes phytosanitaires majeurs de la vigne. La protection contre ces maladies est actuellement exclusivement réalisée par des moyens de lutte chimique, cette pratique faisant de la réduction de l'usage des pesticides, un enjeu majeur de la viticulture de demain. La création de variétés de vigne résistantes constitue une des voies pour répondre à ces enjeux. Alors que les variétés traditionnelles de vigne cultivée d’origine européenne sont sensibles au mildiou et à l'oïdium, plusieurs sources naturelles présentant une résistance ont été décrites dans les espèces de Vitis d’origines américaine et asiatique apparentées. Certaines de ces résistances sont utilisées dans les programmes de l’INRA afin, notamment d'étudier leur déterminisme génétique et développer de nouvelles de variétés de vigne résistantes.

Présentation de la mission : L'ingénieur aura pour mission d'exploiter de nouvelles données de séquences NGS acquises sur une vingtaine de variétés et d'espèces de vigne. Ces accessions constituent les génotypes-clés de différents programmes de croisement destinés à l'introgression de gènes de résistance ou à la création de nouvelles variétés. L'objectif principal sera d'identifier les SNPs entre les accessions séquencées mais également à partir des données acquises antérieurement afin, d'une part, de développer une puce de sélection permettant de génotyper à haut débit des populations d'effectif important, et d'autre part, réduire la taille d'une région contenant un gène de résistance en vue de son clonage positionnel.

Qualifications et conditions :

Niveau minimum d'étude requis : Master2

Domaine : bio-informatique ; notions de bio-analyse, génétique ou génomique appréciées

Durée : 8 mois, de début juillet 2014 à fin février 2015

Salaire mensuel brut : à partir d'environ 2000 euros