Annotations structurales et fonctionnelles
C'est un navigateur de génome et d'annotation structurale et fonctionnelle permettant de visualiser les caractéristiques des séquences et les résultats des analyses dans le contexte des séquences et aussi dans le contexte de sa traduction dans les 6 cadres de lectures. Je conseille cet outil si vous souhaitez réaliser une annotation manuelle de vos gènes d'intérêt.
C'est un prédicteur de gènes pour les séquences génomiques d'espèces eucaryotiques. En plus d'utiliser un prédicteur de gène ab initio (sans information autre que la séquence elle-même), il utilise aussi des informations complémentaires comme l'alignment de données d'expression (EST, cDNA...), des profils de protéines et aussi des informations manuelles (gènes annotées manuellement, localisation d'UTR...)
Ce programme prédit les promoteurs dans les séquences bactériennes.
C'est une station de travail pour l'annotation fonctionnelle de gènes à partir de différentes analyses comme les résultats de blast, la prédiction de domaines protéiques et la prédiction d'activité catalytique.
C'est un prédicteur de gènes pour les séquences génomiques d'espèces eucaryotiques surtout utilisé pour les espèces végétales et fongiques.
C'est un prédicteur de gènes ab initio pour les séquences d'ADN de procaryotes.
C'est un portail web qui permet de réaliser l'assignation taxonomique des séquences métagénomiques ainsi que leur annotation fonctionnelle et structurale.
C'est un prédicteur de régions codantes.
C'est un prédicteur ab initio de gène basé sur l'approche HMM (Hidden Markov Model) pour les séquences d'ADN d'eucaryotes.
Ce programme prédit les régions terminatrices les séquences bactériennes.
C'est un prédicteur de gènes ab initio pour les séquences d'ADN d'eucaryotes.
C'est un prédicteur de gène ab initio basé sur l'approche GHMM (Generalized Hidden Markov Model) afin de prédire la localisation des gènes et les bordures exon/introns dans les séquences génomiques pour une grande variété d'espèces.
Cet outil combine plusieurs méthodes de reconnaissance de signature protéique afin de prédire des domaines protéiques à partir de séquences ADN, ARN ou protéiques.
Ce serveur (KEGG Automatic Annotation Server) fournit une annotation fonctionnelle des gènes à partir de comparaisons blast contre la base de données KEGG. Un fichier table avec des KO (KEGG orthology) ainsi que des fichiers de reconstructions des réseaux métaboliques sont obtenus.
C'est un outil permettant de découvrir de nouveaux motifs protéiques à partir d"un ensemble de séquences protéiques.
Un service tout compris pour annoter vos génomes de mitochondrie. En plus des fichiers classiques d'annotations (position des gènes et fonctions, séquences protéiques), il fournit une visualisation graphique de l'annotation.
Ce sont des prédicteurs de sites d'épissage.
C'est un prédicteur de début de traduction dans les séquences ADN et ARN de vertébrés et chez Arabidopsis thaliana.
C'est un prédicteur de sites d'épissage dans les régions 5'UTR (région non traduites) des gènes humains.
Ce programme identifie les ORF dans les données de séquences métagénomique afin de prédire les gènes codants. Il est basé sur une approche d'apprentissage automatique.
C'est un prédicteur de début de transcription dans les séquences d'ADN de vertébrés.
Un service tout compris pour annoter (structure + fonction) de manière entièrement automatique des génomes procaryotiques complets ou presque complets.
Le service RAST optimisé pour les données métagénomique d'espèces procaryotiques. Il permet aussi de réaliser l'assignation taxonomique des séquences.