aleatoire_seq.py

15/12/2014 15:50

Ce script python génère des séquences d'ADN aléatoires de nombre et de longueur définit par l'utilisateur.

 

Exemple de ligne de commande:

python aleatoire_seq.py [Nombre de nucléotides par séquence] [Nombre de séquences]

 

#! /usr/bin/env python
# -*- coding: UTF8 -*-
#Aleatoire_seq

import numpy
import sys

n = int(sys.argv[-2])
nsq = int(sys.argv[-1])


fil = file("outpout.fasta", "w")
for j in range(nsq):
    sq = ""
    for i in range(n) :
        nt = numpy.random.randint(1,5)
        if nt == 1 :
            sq = sq + "T"
        if nt == 2 :
            sq = sq + "G"
        if nt == 3 :
            sq = sq + "C"
        if nt == 4 :
            sq = sq + "A"
    fil.write(">test_" + str(j) + "\n")
    fil.write(sq + "\n")

fil.close()

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